Le scénario de Just Cause 2 implique un ancien chef militaire nommé Baby Panay (Pandak Panay) qui aurait assassiné l'ancien président (son père) et fait de l'ancien république démocratique de Panao un État dictatorial strict, avec comme ambition de contrôler le monde. Rico Rodriguez devra empêcher cela, et, par la même occasion, enquêter sur la mystérieuse disparition de son commandant, Tom Sheldon, qui, dans le pire des scénarios, aurait rejoint Panay en emportant du matériel top secret et bon nombre des fonds de l'Agence.

L'aventure commence quand Rico Rodriguez arrive à Panao (île imaginaire se trouvant dans le jeu dans l'Asie du Sud-Est) en hélicoptère; un membre de l'Agence, Maria Kane, fait un briefing à Rico mais après un certain moment, l'hélico est attaqué par la DCA panavienne. Un agent possédant le PDA de Rico meurt et tombe dans le vide. Rico saute de l'hélicoptère pour récupérer son PDA puis il devra récupérer des cartes-mémoire tombées de l'hélico dans une base militaire.Les cartes-mémoire de l'Agence récupérées, Maria emmène Rico à un casino prêt à être détruit où se trouve Karl Blaine, un contact de l'Agence ayant sombré dans l'alcool. Rico sauve Karl et l'escorte jusqu'à sa planque.Rico se rend ensuite dans un bar appelé La tanière du flambeur sauver une personne qui lui indiquera l'emplacement d'un colonel panavien, ce dernier ayant ramassé une carte-mémoire concernant Tom Sheldon. Rico retrouve le colonel, lui prends la carte et active une balise. Il se rend ensuite à la balise où Tom l'assomera et lui expliquera pourquoi Tom n'avait plus donné signe de vie. Tom n'avait pas trahi l'Agence et la réintègre officiellement.Rico, apprenant que Jade Tan a été capturée, se rend à la base militaire de Kastelo Singa où il la libère.Rico va après dans un hôtel réputé pour tuer un représentant chinois, un représentant russe et un représentant japonais qui voulaient chacun tenter de s'emparer de l'île une fois Baby Panay mort.Après cela, Rico choisit une des trois factions du jeu pour attaquer la Forteresse de Wajah Ramah, une base militaire où s'est réfugié Pandak Panay. Une fois dans le dôme de la base, lieu de résidence du dictateur, Rico surprend Karl qui dégoupille une grenade près du président et se tue par la même occasion.Rico apprend après que Panao est convoité pour son pétrole, il se rend donc au champ pétrolier mais croise un sous-marin nucléaire sur sa route. L'agent s'infiltre dans le sous-marin et découvre que Baby Panay n'est pas mort, Rico affronte donc le président et ce dernier, fatigué de l'affrontement, déclenche le lancement de quatre missiles nucléaires, un sur la Russie, un sur la Chine, un sur le Japon et un sur les États-Unis. Rico désactive le système d'autoguidage des missiles, accroche le président à l'un d'eux et lance ce missile sur tout le pétrole de l'île.

Personnages

Personnages de l'Agence :

• Rico Rodriguez (Personnage Jouable)
• Karl Blaine (traître)
• Tom Sheldon (surnommé "Le Tigre Blanc"), il est au début du jeu le vendeur de marché noir de Rico, avec comme pseudonyme Don Moltesh (une anagramme)
• Maria Kane
• Jade Tan

Personnes officiels :

• Pandak Panay (surnommé "Baby Panay")
• Papa Panay (vrai nom non connu)
• Général Masayo Washio (représentant du Japon)
• Zhang Sun (Représentant de la Chine)
• Alexander Mirkov (représentant de la Russie)

Organisations criminelles (alliés du joueur) :

• Les Ulars Boys, avec à leur tête Sri Irawan
• Les Reapers, avec à leur tête Bolo Santosi
• Les Roaches, avec à leur tête Razak Razman (surnommé Razor)

• Il reste une petite partie de l'armée japonaise, avec du matériel, sur l'île en haut à gauche de la carte du PDA.

Armes:

Vous aurez le choix entre de divers type d'armes tout au long du jeu. (eagle, M16, grenade, sniper, mittrailleuse, y'en a pour tout les gouts)